O que se tem relatado sobre a presença indígena na localidade de Pirajá, surge dos relatos dos religiosos da Companhia de Jesus que atuaram na região. Sabe-se que a localidade possuía uma forte presença indígena do povo Tupinambá onde no ano de 1564 foram relatados pelos Jesuítas a presença de 14 aldeamentos localizados as margens do rio Pirajá totalizando a presença de 1100 indígenas na região do aldeamento São João Evangelista.
Para o estabelecimento e ocupação dos portugueses nas partes do Recôncavo da Bahia no início do governo geral, vai ocorrer o que foi chamado de: “ as conquistas ou dominação do gentio”. Onde ocorreram três enfrentamentos portugueses contra os indígenas e uma deles foi chamado “Pirajá-Paripe-Matoim”, que se trata de duas guerras contra os indígenas que habitavam a localidade, uma na região de Tubarão, em Paripe, e outra no aldeamento chefiado pelo líder indígena Mirangoaba, localizado nas proximidades do rio Pirajá. Essas guerras ocorreram a mando de Tomé de Souza, ao redor da cidade nas localidades de Pirajá, Rio Vermelho e Itapuã e executadas por D. Álvaro da Costa.
O indígena Mirangaba, que foi um chefe indígena da região, sempre é citado por alguns memorialistas como o responsável por uma grande tribo indígena que habitava a região e o seu entorno. Esse indígena inclusive foi preso por conta da sua articulação de revoltas contra os portugueses, sendo alocado para articular combates com outras tribos indígenas em outros locais da cidade. Tomando a simpatia do governo-geral, retornou a localidade de Pirajá e mesmo com a confiança do governo da época, tornou a guerrear contra os portugueses que constantemente buscavam a dominação das terras da localidade.