O sistema administrativo de capitanias hereditárias consistiu na doação de extensas faixas de terras pelo rei de Portugal a capitães donatários, os quais tinham a obrigação de assegurá-la, povoá-la e torná-la produtiva. Além das obrigações descritas, o donatário receberia também atribuições fiscais, administrativas e judiciárias, sendo permitido a fundação de vilas, distribuição de terras por meio de Sesmaria, instalação de engenhos de açúcar e nomeação de funcionários para cargos administrativos.
A primeira tentativa de ocupação efetiva, as capitanias hereditárias, foram iniciadas em função da necessidade da metrópole portuguesa de proteger a sua recente possessão ultramarina das investidas estrangeiras, bem como a demanda por produtividade da nova terra para garantir uma economia complementar direcionada ao mercado metropolitano. O sistema de feitorias, o mesmo adotado em outros domínios portuguesas em África, onde obteve-se sucesso, foi adotado inicialmente pela coroa portuguesa no Brasil, porém, tornou-se ineficaz pela forma precária que se deu este método de ocupação. Na realidade, foi notório que a intenção da Coroa não era ocupar as terras do Brasil, uma vez que as feitorias adotaram um esquema simplificado, com uma mínima base de ocupação no litoral, isto é, resumia-se a residência de funcionários militares e o feitor. Tal estrutura não se sustentou na Colônia brasileira, pois a presença de embarcações francesas tornara-se frequentes, demandando uma posição mais enérgica da metrópole portuguesa.
Com a divisão do Brasil em 15 capitanias hereditárias, as doações começaram a partir de 10 de março de 1534. O que atualmente compreendemos com território pertencente a Bahia, no referido momento histórico foi dividida em cinco capitanias, a saber:
A Capitania da Baía de Todos os Santos, doada a Francisco Pereira Coutinho em 05 de abril de 1534, que tinha como delimitação a foz do rio São Francisco e a parte sul da baía de todos os santos, incluindo o recôncavo;
A Capitania de Porto Seguro, doada a Pero do Campo Tourinho em 27 de maio de 1534, delimita-se entre a foz do rio pardo e a foz do rio mucuri;
A Capitania de São Jorge dos Ilhéus, doada a Jorge Figueiredo Correia que delimita-se a partir do sul da baía de todos os santos e a foz do rio pardo;
A Capitania da Ilha de Itaparica, doada ao primeiro conde da Castanheira, D António de Athayde, primeiramente como sesmaria no início do governo-geral e após confirmada como capitania em 15 de março de 1558. A Capitania incluía a Ilha de Itaparica e a Ilha de Tamarandiva; e
A Capitania do Paraguaçu ou Capitania do Recôncavo, doada em 29 de março de 1566 a Álvaro da Costa, delimitando-se da barra do rio paraguaçu na parte do sul até a barra do rio Jaguaripe na costa.
Apesar de imprecisas as demarcações, cada capitania possuía em média 50 ou 60 léguas tanto de comprimento, quanto de largura.