Conforme foi abordado no contexto acima, o processo de povoamento pelos portugueses em Pirajá é datado desde o período das capitanias hereditárias. Com a expedição de Francisco Pereira Coutinho, chegou à Bahia o sesmeiro João de Velosa, engenheiro e dono de engenhos de açúcar na Ilha da Madeira, que recebeu de sesmaria a localidade que corresponde ao atual bairro de Pirajá. Conforme mapa exibido anteriormente, a sua delimitação se encontra da foz do rio Pirajá até a fronteira com a sesmaria de Paripe, de propriedade de Afonso Torres.
No período em que o primeiro sesmeiro esteve nas terras de Pirajá, foi possível a construção de um dos primeiros engenhos da Bahia, entretanto, tudo indica que este não chegou a produzir açúcar, pois o referido engenho foi queimado pelos indígenas, forçando a fuga dos colonos para Porto Seguro (AZEVEDO, 1969).
Com o inicio do governo geral, os portugueses ao realizar incursões de reconhecimento das terras, perceberam na localidade de Pirajá e de todo o atual subúrbio de Salvador, um potencial para plantação de cana de açúcar e construção de novos engenhos (CARLOS OTT, 1996). Algum tempo depois, já no governo de Duarte da Costa, chega de terras lusitanas, por meio de carta régia do ano de 1555, a autorização para efetivação da construção de um engenho , o engenho El-rei em Pirajá, ou engenho Pirajá. O término da sua construção é relatado por carta no governo de Mem de Sá no ano de 1570.
O segundo sesmeiro a ocupar a localidade foi o Simão da Gama e Andrade, navegador português que chegou na Bahia com sua mulher e filhos no galeão São João, segunda armada de mantimentos enviados pelo rei D. João III no ano de 1550. Segundo a carta de confirmação de sesmaria de 21 de julho de 1570, as terras localizadas entre a ponta do rio Pirajá até as fronteiras das terras de Paripe, e para o sertão uma légua, além da ilha dos frades, foram dadas de sesmaria para o dito navegador por Thomé de Souza, no tempo do seu governo. De acordo com o documento, no prazo de um ano Simão da Gama era obrigado a construir um engenho às margens do rio, além de não poder vender as terras da sesmaria no período de três anos.
O memorialista Gabriel Soares de Souza (1879), que vivenciou esse momento histórico, descreveu a localidade no ano de 1587. Assim, em Pirajá existiram cinco engenhos de açúcar: “O de sua majestade”, que é nosso foco de estudo, e junto a ela uma igreja evocada a São Bartolomeu de Pirajá; Outro construído junto a uma igreja de São Sebastião de Diogo da Rocha Sá; e um de João de Barros Cardoso, o único engenho descrito que é construído junto a uma “fábrica de escravos”, com uma ermida de Nossa Senhora da Encarnação e o engenho de Leonor Soares, mulher do segundo sesmeiro da localidade o Simão da Gama de Andrade. Dentre esse complexo de engenhos encontrava-se também uma “casa de cozer meles” de Antônio Nunes Reimão.
No mesmo contínuo, o memorialista descreve também a existência de algumas fazendas na localidade: a fazenda de Antônio de Oliveira de Carvalhal com ermida de S. Braz e a fazenda dos padres da Companhia de Jesus, junto a uma igreja de Nossa Senhora da Escada (SOUZA, 1879, p.123).